Este lugar fundado en 1959, es el primer parque nacional de Ecuador, por su diversidad y su valor histórico.

Fue creado bajo decreto ejecutivo N-17, del 4 de julio de 1959, por conmemorar el primer centenario de la publicación del libro “El Origen de las Especies” de Charles Darwin, quien inspiró su famosa teoría de la evolución por selección natural en base a las observaciones realizadas durante sus estadías en estas islas ecuatorianas.